STID Mohammad Natsir memiliki berbagai fasilitas yang bisa dimanfaatkan sebagai optimalisasi da’wah. Fasilitas-fasilitas tersebut berada di 3 (tiga) kampus, yakni Kampus A di Jakarta Pusat, Kampus B di Tambun Bekasi, dan Kampus C di Cipayung Jakarta Timur. Berikut ini fasilitas yang disediakan di STID Mohammad Natsir:
- Gedung milik sendiri di Kampus A, B, dan C.
- Masjid yang dimaksimalkan sebagai pelatihan da’wah
- Laboratorium Bahasa
- Laboratorium Multimedia
- Studio
- Aula serba guna
- Perpustakaan di Kampus A, B, dan C
- Lapangan olahraga
- Perkebunan untuk pengembangan skill mahasiswa
- Dan berbagai fasilitas lainnya